Village associé à Longeau, Percey-le-Pautel doit son nom du gentilice Priscius auquel fut ajouté plus tard le surnom "le Pautez" qui, en patois bourguignon signifierait bourbier, lieu marécageux.
Le village fut une place protestante au XVIIème siècle avant qu'un arrêt du 13 janvier 1621 ne ferma le temple.